サンプル5. FASTAファイルから指定したIDの配列を抜き出す

use Bio::DB::Fastaを使って、FASTAファイル中から指定したIDの配列をFASTA形式で出力させます。 サンプルではスクリーン出力にしてあります。 #!/usr/bin/perluse Bio::SeqIO; use Bio::DB::Fasta;#スクリーンに出力 $seq_out = Bio::SeqIO->new(-fh => \*S…

ClustalWで大量の配列をアライメントする

ClustalWで大量の配列のアライメントをしようと思うと、かなりの時間がかかりますが、FastAlignmentを実行すると、早くアライメントすることが出来る。 % clustalw -output=PIR -infile=test.fasta -align -quicktree -ktuple=2 -topdiags=4 -window=4 -pair…

系統樹の書き方

ClustalWを使う方法 treeオプションで指定します。 % clustalw -infile="test2.aln" -tree -outputtree=phylip test2.phというファイルができます。 EMBOSSを使う方法 EMBOSSで系統樹を書く方法はいくつかあります。 例えば、fdnadistとffitchを使ってみます…

TreeViewXのインストール

ClustalWの結果から系統樹を表示する。 http://darwin.zoology.gla.ac.uk/~rpage/treeviewx/index.htmlからダウンロードして使用する。

eBiotoolsのインストール

eBiotoolsとBioXを入れることで、GUI上で EBIの検索 Multiple ClustalW 2つの配列間のGlobal alignment Dotplot Searching features in DNA Restriction map Staden package などを使うことが出来ます。 http://www.ebioinformatics.org/からeBiotoolsとBioX…

wwwblastのインストール

1. WWW serverの起動 システム環境設定の共有でパーソナルWeb共有をOnにします。 他のコンピュータからのアクセスを制限するには、/etc/httpd/httpd.confを編集します。 Options FollowSymLinks AllowOverride None を、 Options FollowSymLinks AllowOverri…

サンプル

BioPerl GenBankからデータを取得 ローカルでBLAST検索をする Tkを使って入力画面を作る ClustalWによりアライメントを行う FASTAファイルから指定したIDの配列を抜き出す

サンプル4. ClustalWによりアライメントを行う。

bioperl-runがインストールされていなかったので、別途ダウンロード&インストールしました。 Bio::AlignIO->newFh()を使うことにより、アウトプットのフォーマットを指定することができます。 #!/usr/bin/perluse Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw; us…

bioperl-runのインストール

BioPerlのインストールだけでは、bioperl-run(種々のモジュールを含む)がインストールされません。http://bioperl.org/DIST/からダウンロードし、インストールします。私はbioperl-run-1.5.1.tar.gzをインストールしました。 % perl Makefile.PL % make % …

私のマシン

もともと自宅ではMacを使い、職場ではWindowsやLinuxを使っています。 バイオインフォマティクスの自習をしようと思い、使っていないマシンを探してみたら、自宅にほとんど使っていない夫のPowerBook(1.5GHz PowerPC G4)がありました。 実は、もっと古い800M…

サンプル3. Tkを使って入力画面を作る

Bioperl-guiの使い方はまだわかりませんが、Tkをインストールしたので、Tkで入力画面を表示するようにしてみました。 サンプルはGenBankを検索して、日時フォルダの中にヒットしたデータをfasta形式で保存してます。実行は、X11上で。私は、使っているエディ…

Bioperl-guiのインストール

まず、Perl/Tkをインストールします。http://search.cpan.org/~ni-s/Tk-804.027/からファイルをダウンロードします。適当な場所で解凍し、インストールします。Terminalでなく、X11 windowでmake testしないとエラーになります。(Terminal上でCPANからイン…

examples

bioperlのexamplesとscriptsには、いろいろなサンプルプログラムがおさめられています。 私の場合にはexamplesは、/sw/share/bioperl-pm586/examplesの中にありました。 scriptsは別途インストールしなくてはいけません。ソースファイルの中にscriptsがあり…

epkgのインストール

http://www.ie.u-ryukyu.ac.jp/darwin2/から、Universal Binary 対応版のGUI版をダウンロードしました。 手順は記載のとおりです。

サンプル2. ローカルでBLAST検索をする

ローカルでBLAST検索をします。ローカルですので、対象となるデータベースはあらかじめダウンロードしておかなくてはいけません。以下は、fastaフォーマットで保存してあるアミノ酸配列からSWISSPROTを検索する例です。BLASTの結果はファイルに、summaryを画…

サンプル1. GenBankからデータを取得

まずは、BioPerlの動作テストを兼ねてネット上のGenBankからデータを取得してみます。 以下のサンプルプログラムはhttp://www.bioperl.org/wiki/HOWTO:Beginnersを参照しています。 GenBankからGenBank Acc=J01673のデータを取得して、J01673.gbkというGenBa…

BioPerlインストールの手順

以下の手順でBioPerlをインストールします。 MacOSX環境に必要なソフトウェアをインストール MacOSX環境 BioPerlで使うバイオ系ソフトウェアをインストール NCBI BLASTのインストール ClustalWのインストール EMBOSSのインストール EMBASSYのインストール T-…

MacOSX環境

MacOSXにインストールしておくソフトウェアなどです。 MaxOSX10.4.10、PowerPC G4の場合です。 Xcodeのインストール CPANのインストール finkのインストール epkgのインストール

finkのインストール

finkでインストールするモジュールもあるので、finkをインストールしておきます。 http://finkproject.org/index.php?phpLang=jaから最新版のバイナリーをダウンロードします。 インストールの手順はページのとおり。

Qtのインストール

Qt

http://trolltech.com/developer/downloads/qt/macから最新版をダウンロードする。私はqt-mac-opensource-src-4.3.0.tar.gzを落としました。どこに落としてもいいです。 % ./configure % make % sudo make install

BioPerlのインストール

いよいよ、BioPerl本体のインストールです。最新版はCPANに入っていなかったので、http://bioperl.org/DIST/から最新版を落としてインストールを試みました。私は、bioperl-1.5.2_102.tar.gzを落としました。 % perl Makefile.PL オプションにinstall all (a…

Bundle::BioPerlのインストール

BioPerlを使うのに必要なモジュールがいろいろとありまして、これが、Bundle::BioPerlです。CPANでインストールできます。 % sudo perl -MCPAN -e shell CPAN> install Bundle::BioPerl たくさんのモジュールがあって、かなり時間がかかります。途中でいろい…

DBD::mysqlのインストール

epkgでMySQLをインストールします。 GUI版をインストールしてあるので、リストから選んでインストールするだけです。mysqlは分類「lang」に入っていました。 CPANで必要なものをインストールしておきます。 % sudo perl -MCPAN -e shell CPAN> install DBI C…

BioPerlはデータベースも使うんですって。MySQLをインストールします。

XML::Parserのインストール

XMLの解析に必要らしいXML::Parserをインストールします。 1. expatのインストール http://sourceforge.net/projects/expat/からexpatの最新版をダウンロードします。私はexpat-2.0.1.tar.gzを落としました。適当なところに落としても構いません。 % ./confi…

XML::DOM::Xpathのインストール

CPANでインストールします。Mac Proで同じ方法で実行したら、うまくいかず...。% sudo perl -MCPAN -e shell CPAN> install XML::DOM CPAN> install XML::DOM::Xpath

Spreadsheet::ParseExcelのインストール

いくつかのPerlモジュールを先に入れてからインストールします。CPANでインストールします。 % sudo perl -MCPAN -e shell CPAN> install Jcode CPAN> install Unicode::Map CPAN> install Spreadsheet::WriteExcel CPAN> install Spreadsheet::ParseExcel

GD のインストール

グラフィックを使うのに必要らしい。 ligpng http://www.libpng.org/pub/png/libpng.htmlからlibpngの最新版ソースコードをダウンロードします。私はlibpng-1.2.18.tar.gzを落としました。適当なところに落としても構いません。 % ./configure % make % sudo…

BioPerlを使うにあたって必要なモジュール群をインストールしておきます。

CPANモジュールのインストール

CPAN(Comprehensive Perl Archive Network)を使えるようにして、CPANモジュールのインストールを行います。 CPANを起動したところ、lynx, wget, rudixなどなどがないとのメッセージが出たので、まず、http://www.apple.com/downloads/macosx/unix_open_sourc…