BioPerl
use Bio::DB::Fastaを使って、FASTAファイル中から指定したIDの配列をFASTA形式で出力させます。 サンプルではスクリーン出力にしてあります。 #!/usr/bin/perluse Bio::SeqIO; use Bio::DB::Fasta;#スクリーンに出力 $seq_out = Bio::SeqIO->new(-fh => \*S…
bioperl-runがインストールされていなかったので、別途ダウンロード＆インストールしました。 Bio::AlignIO->newFh()を使うことにより、アウトプットのフォーマットを指定することができます。 #!/usr/bin/perluse Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw; us…
BioPerlのインストールだけでは、bioperl-run（種々のモジュールを含む）がインストールされません。http://bioperl.org/DIST/からダウンロードし、インストールします。私はbioperl-run-1.5.1.tar.gzをインストールしました。 % perl Makefile.PL % make % …
Bioperl-guiの使い方はまだわかりませんが、Tkをインストールしたので、Tkで入力画面を表示するようにしてみました。 サンプルはGenBankを検索して、日時フォルダの中にヒットしたデータをfasta形式で保存してます。実行は、X11上で。私は、使っているエディ…
まず、Perl/Tkをインストールします。http://search.cpan.org/~ni-s/Tk-804.027/からファイルをダウンロードします。適当な場所で解凍し、インストールします。Terminalでなく、X11 windowでmake testしないとエラーになります。（Terminal上でCPANからイン…
bioperlのexamplesとscriptsには、いろいろなサンプルプログラムがおさめられています。 私の場合にはexamplesは、/sw/share/bioperl-pm586/examplesの中にありました。 scriptsは別途インストールしなくてはいけません。ソースファイルの中にscriptsがあり…
ローカルでBLAST検索をします。ローカルですので、対象となるデータベースはあらかじめダウンロードしておかなくてはいけません。以下は、fastaフォーマットで保存してあるアミノ酸配列からSWISSPROTを検索する例です。BLASTの結果はファイルに、summaryを画…
まずは、BioPerlの動作テストを兼ねてネット上のGenBankからデータを取得してみます。 以下のサンプルプログラムはhttp://www.bioperl.org/wiki/HOWTO:Beginnersを参照しています。 GenBankからGenBank Acc=J01673のデータを取得して、J01673.gbkというGenBa…
いよいよ、BioPerl本体のインストールです。最新版はCPANに入っていなかったので、http://bioperl.org/DIST/から最新版を落としてインストールを試みました。私は、bioperl-1.5.2_102.tar.gzを落としました。 % perl Makefile.PL オプションにinstall all (a…
BioPerlを使うのに必要なモジュールがいろいろとありまして、これが、Bundle::BioPerlです。CPANでインストールできます。 % sudo perl -MCPAN -e shell CPAN> install Bundle::BioPerl たくさんのモジュールがあって、かなり時間がかかります。途中でいろい…
epkgでMySQLをインストールします。 GUI版をインストールしてあるので、リストから選んでインストールするだけです。mysqlは分類「lang」に入っていました。 CPANで必要なものをインストールしておきます。 % sudo perl -MCPAN -e shell CPAN> install DBI C…
XMLの解析に必要らしいXML::Parserをインストールします。 1. expatのインストール http://sourceforge.net/projects/expat/からexpatの最新版をダウンロードします。私はexpat-2.0.1.tar.gzを落としました。適当なところに落としても構いません。 % ./confi…
CPANでインストールします。Mac Proで同じ方法で実行したら、うまくいかず...。% sudo perl -MCPAN -e shell CPAN> install XML::DOM CPAN> install XML::DOM::Xpath
いくつかのPerlモジュールを先に入れてからインストールします。CPANでインストールします。 % sudo perl -MCPAN -e shell CPAN> install Jcode CPAN> install Unicode::Map CPAN> install Spreadsheet::WriteExcel CPAN> install Spreadsheet::ParseExcel
グラフィックを使うのに必要らしい。 ligpng http://www.libpng.org/pub/png/libpng.htmlからlibpngの最新版ソースコードをダウンロードします。私はlibpng-1.2.18.tar.gzを落としました。適当なところに落としても構いません。 % ./configure % make % sudo…
EMBASSYをインストールします。 EMBASSYは、EMBOSSから呼ぶバイオ系プログラムです。 1. PHYLIPのインストール ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/からソースコードをダウンロードします。私はPHYLIP-3.6b.tar.gzを落としました。 /bio/emboss/の下にフ…
T-Coffeeをインストールします。 http://www.tcoffee.org/Projects_home_page/t_coffee_home_page.htmlからソースコードをダウンロードします。私がダウンロードした時にはversion 5.05でした。 /bio/t_coffee/というディレクトリーを作って（好きなディレク…
EMBOSSをインストールします。 先にGDをインストールしておいた方がいいかも。 （私のおバカな話。X11上でコンパイルせずに、ターミナル上でコンパイルしていて、うまくいかな〜〜〜いってはまってました。X11を使いましょう。） ftp://emboss.open-bio.org/…
ClustalWをインストールします。 ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/clustalw/からMacOSX用のバイナリーをダウンロードします。私は、clustalw1.82.mac-osx.tar.gzを落としました。 /bio/clustalw/というディレクトリーを作って、その中に展開したファ…
NCBI BLASTをインストールします。 1. NCBI BLAST ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/からMacOSX用のバイナリーをダウンロードします。私は、blast-2.2.16-universal-macosx.tar.gzを落としました。 /bio/blast/というディレクトリーを作って、その…
バイオインフォマティクスにはPerlが便利だと聞いたのでいろいろと調べてみたら、BioPerlというPerl上で動いてバイオインフォマティクスに便利なツールキットがあることがわかりました。 関連するツールも一緒にインストールしておけば、配列を取ってきたり…
