ClustalWで大量の配列のアライメントをしようと思うと、かなりの時間がかかりますが、FastAlignmentを実行すると、早くアライメントすることが出来る。 % clustalw -output=PIR -infile=test.fasta -align -quicktree -ktuple=2 -topdiags=4 -window=4 -pair…

ClustalWを使う方法 treeオプションで指定します。 % clustalw -infile="test2.aln" -tree -outputtree=phylip test2.phというファイルができます。 EMBOSSを使う方法 EMBOSSで系統樹を書く方法はいくつかあります。 例えば、fdnadistとffitchを使ってみます…

bioperl-runがインストールされていなかったので、別途ダウンロード＆インストールしました。 Bio::AlignIO->newFh()を使うことにより、アウトプットのフォーマットを指定することができます。 #!/usr/bin/perluse Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw; us…

ClustalWをインストールします。 ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/clustalw/からMacOSX用のバイナリーをダウンロードします。私は、clustalw1.82.mac-osx.tar.gzを落としました。 /bio/clustalw/というディレクトリーを作って、その中に展開したファ…