wwwblastのインストール

ソフトウェア

1. WWW serverの起動

システム環境設定の共有でパーソナルWeb共有をOnにします。
他のコンピュータからのアクセスを制限するには、/etc/httpd/httpd.confを編集します。



Options FollowSymLinks
AllowOverride None


を、



Options FollowSymLinks
AllowOverride None
Order deny,allow
Deny from all
Allow from 127.0.0.1


と変更します。

2. wwwblastのインストール

ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/からMacOSX用のバイナリーをダウンロードします。
/Library/WebServer/CGI-Executables に展開したファイルをフォルダ(blast)ごと入れます。

シンボリックリンクを作成しておきます。


% cd /Library/WebServer/Documents/
% ln -s ../CGI-Executables/blast blast


結果の図を書き込むディレクトリの所有者をwwwにします。


% cd /Library/WebServer/CGI-Executables/blast
% sudo chown www TmpGifs


blast.htmlを編集します。 ACTION="blast.cgi"と書かれている部分をACTION="/cgi-bin/blast/blast.cgi" と直します。
動作確認をしてみます。
Webブラウザでhttp://127.0.0.1/blast/を開き、一番上の「Regular BLAST without client-server support」を選び検索画面を表示します。
Program:blastp、Database:test_aa_dbを選びます。
FASTA形式で配列を入力し、Searchボタンを押すと検索結果が表示されます。

3. データベースの設定

blast用のデータベースを作ってあるので、dbの下にシンボリックリンクを作成します。
必要なデータベースの全ファイルのリンクを作成します。


% cd /Library/WebServer/CGI-Executables/blast/db
% ln -s /bio/blast/db/nr.phr nr.phr
以下省略。


blast.rcを編集します。
各プログラムで使うデータベースを指定します。
test_na_dbと書いてある行には塩基配列DBを、test_aa_dbと書いてある行にはアミノ酸配列DBをスペースを空けて追加します。ここに記述していないと、検索対象DBとなりません。
blast.htmlを編集します。
<option VALUE = "test_na_db"> test_na_db
と書いてある行の上に使うデータベースの指定を追加します。
<option VALUE = "nt"> nt
<option VALUE = "nr"> nr
以下省略。