系統樹の書き方

ClustalWを使う方法

treeオプションで指定します。


% clustalw -infile="test2.aln" -tree -outputtree=phylip


test2.phというファイルができます。

EMBOSSを使う方法

EMBOSS系統樹を書く方法はいくつかあります。
例えば、fdnadistとffitchを使ってみます。


% fdnadist -sequence=test2.aln -outfile=test2.fdnadist -method=f
% ffitch -datafile=test2.dst -intreefile=test2.ph -outfile=test2.ffitch


F84は距離計算の方法です。他にもkimuraの方法などがあります。
f (F84 distance model)
k (Kimura 2-parameter distance)
j (Jukes-Cantor distance)
l (LogDet distance)
s (Similarity table)
ffitchでのtreeファイルの読み込みはオプションです。
読み込ませない場合は-nointreefileと指定します。
インターラクティブモードでも実行できます。

結果としてtest2.treefileというファイルができます。