サンプル5. FASTAファイルから指定したIDの配列を抜き出す

use Bio::DB::Fastaを使って、FASTAファイル中から指定したIDの配列をFASTA形式で出力させます。
サンプルではスクリーン出力にしてあります。

#!/usr/bin/perl

use Bio::SeqIO;
use Bio::DB::Fasta;

#スクリーンに出力
$seq_out = Bio::SeqIO->new(-fh => \*STDOUT, '-format' => 'fasta');

$file = "sample.fasta";
$id = $ARGV[0];
$db = Bio::DB::Fasta->new($file);
$seqobj = $db->get_Seq_by_id($id);
$seq_out->write_seq($seqobj);