Bundle::BioPerlのインストール

BioPerl

BioPerlを使うのに必要なモジュールがいろいろとありまして、これが、Bundle::BioPerlです。CPANでインストールできます。


% sudo perl -MCPAN -e shell
CPAN> install Bundle::BioPerl


たくさんのモジュールがあって、かなり時間がかかります。途中でいろいろ聞かれるのでほとんどenter。
終わってから入っているかを確認。確認の方法はhttp://bugja.sourceforge.jp/index.php?ScriptCheckInstPerlModを利用させていただきました。
入っていなかったモジュールは、改めて１つ１つCPANで入れました。SOAP::Liteだけうまく入らなかったので、http://search.cpan.org/~byrne/からファイルをダウンロードしてインストールしました。


% perl Makefile.PL
% make
% sudo make install

DBD::mysqlのインストール

BioPerl

epkgでMySQLをインストールします。
GUI版をインストールしてあるので、リストから選んでインストールするだけです。mysqlは分類「lang」に入っていました。


CPANで必要なものをインストールしておきます。


% sudo perl -MCPAN -e shell
CPAN> install DBI
CPAN> install DBI::DBD


DBD::mysqlはCPANではエラーが出てインストールできないので、http://www.cpan.org/modules/by-module/DBD/からソースファイルを落とします。私はDBD-mysql-4.005.tar.gzを落としました。適当なところに落としていいです。


% sudo perl Makefile.PL --cflags="-I/usr/local/mysql/include/mysql" --libs="-L/usr/local/mysql/lib/mysql" --mysql_config="/usr/local/mysql/bin/mysql_config"
% make
% sudo make install


普通にMakefile.PLを実行しようとすると、mysql_configがないというエラーが出てしまうので、パラメータを設定してあげないといけません。

XML::Parserのインストール

BioPerl

XMLの解析に必要らしいXML::Parserをインストールします。

1. expatのインストール

http://sourceforge.net/projects/expat/からexpatの最新版をダウンロードします。私はexpat-2.0.1.tar.gzを落としました。適当なところに落としても構いません。


% ./configure
% make
% sudo make install

2. XML::Parserのインストール

CPANでインストールします。


% sudo perl -MCPAN -e shell
cpan> install XML::Parser

Spreadsheet::ParseExcelのインストール

BioPerl

いくつかのPerlモジュールを先に入れてからインストールします。CPANでインストールします。


% sudo perl -MCPAN -e shell
CPAN> install Jcode
CPAN> install Unicode::Map
CPAN> install Spreadsheet::WriteExcel
CPAN> install Spreadsheet::ParseExcel

GD のインストール

BioPerl

グラフィックを使うのに必要らしい。

ligpng

http://www.libpng.org/pub/png/libpng.htmlからlibpngの最新版ソースコードをダウンロードします。私はlibpng-1.2.18.tar.gzを落としました。適当なところに落としても構いません。


% ./configure
% make
% sudo make install

FreeType2

http://www.freetype.org/からFreeType2の最新版ソースコードをダウンロードします。私はfreetype-2.3.5.tar.gzを落としました。適当なところに落としても構いません。


% ./configure
% make
% sudo make install

finkでインストールすることもできます。

FreeType2 のincludeファイルが /usr/local/include/freetype2/freetype に入っている場合はこのシンボリックリンクを /usr/local/include/freetype に作っておく。じゃないと次のgd2のインストールができない...。


% sudo ln -s /usr/local/include/freetype2/freetype /usr/local/include/freetype

libjpeg

ftp://ftp.uu.net/graphics/jpeg/からv6以降のものをダウンロードします。私はjpegsrc.v6b.tar.gz を落としました。適当なところに落としても構いません。


% ln -s /usr/bin/glibtool libtool
% ./configure
% make
% sudo make install

GD

http://www.libgd.org/から最新版のGDをダウンロードします。私は、gd-2.0.35.tar.gzを落としました。適当なところに落としても構いません。
インストールの前にX11関連のファイルが入っていることを確認。どうもMacProには入ってないっぽい。/usr/X11R6/include/X11の中に/Developer/SDKs/MacOSX10.4u.sdk/usr/X11R6/include/X11の中身をコピー。/usr/X11R6/include/の中にfontconfigというディレクトリーを作り/Developer/SDKs/MacOSX10.4u.sdk/usr/X11R6/include/fontconfigの中身をコピー。/usr/local/include/fontconfigからシンボリックリンクを張っておく。

% sudo ln -s /usr/X11R6/include/fontconfig /usr/local/include/fontconfig


インストールします。


% ln -s /usr/bin/glibtool libtool
% ./configure
% make
% sudo make install


finkでインストールする方が簡単。

Perl module GD

CPANでインストールする。


% sudo perl -MCPAN -e shell
CPAN> install GD