XMLの解析に必要らしいXML::Parserをインストールします。 1. expatのインストール http://sourceforge.net/projects/expat/からexpatの最新版をダウンロードします。私はexpat-2.0.1.tar.gzを落としました。適当なところに落としても構いません。 % ./confi…

CPANでインストールします。Mac Proで同じ方法で実行したら、うまくいかず...。% sudo perl -MCPAN -e shell CPAN> install XML::DOM CPAN> install XML::DOM::Xpath

いくつかのPerlモジュールを先に入れてからインストールします。CPANでインストールします。 % sudo perl -MCPAN -e shell CPAN> install Jcode CPAN> install Unicode::Map CPAN> install Spreadsheet::WriteExcel CPAN> install Spreadsheet::ParseExcel

グラフィックを使うのに必要らしい。 ligpng http://www.libpng.org/pub/png/libpng.htmlからlibpngの最新版ソースコードをダウンロードします。私はlibpng-1.2.18.tar.gzを落としました。適当なところに落としても構いません。 % ./configure % make % sudo…

BioPerlを使うにあたって必要なモジュール群をインストールしておきます。

CPAN(Comprehensive Perl Archive Network)を使えるようにして、CPANモジュールのインストールを行います。 CPANを起動したところ、lynx, wget, rudixなどなどがないとのメッセージが出たので、まず、http://www.apple.com/downloads/macosx/unix_open_sourc…

EMBASSYをインストールします。 EMBASSYは、EMBOSSから呼ぶバイオ系プログラムです。 1. PHYLIPのインストール ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/からソースコードをダウンロードします。私はPHYLIP-3.6b.tar.gzを落としました。 /bio/emboss/の下にフ…

T-Coffeeをインストールします。 http://www.tcoffee.org/Projects_home_page/t_coffee_home_page.htmlからソースコードをダウンロードします。私がダウンロードした時にはversion 5.05でした。 /bio/t_coffee/というディレクトリーを作って（好きなディレク…

EMBOSSをインストールします。 先にGDをインストールしておいた方がいいかも。 （私のおバカな話。X11上でコンパイルせずに、ターミナル上でコンパイルしていて、うまくいかな〜〜〜いってはまってました。X11を使いましょう。） ftp://emboss.open-bio.org/…

ClustalWをインストールします。 ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/clustalw/からMacOSX用のバイナリーをダウンロードします。私は、clustalw1.82.mac-osx.tar.gzを落としました。 /bio/clustalw/というディレクトリーを作って、その中に展開したファ…

NCBI BLASTをインストールします。 1. NCBI BLAST ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/からMacOSX用のバイナリーをダウンロードします。私は、blast-2.2.16-universal-macosx.tar.gzを落としました。 /bio/blast/というディレクトリーを作って、その…

BioPerlのインストール前にいくつかのバイオインフォマティクスツールをインストールしておきます。

MacOSX1.4ではPerl、C、C++などは初めから使えます。 ただし、開発環境Xcodeは追加インストールしなくてはいけません。 1. Xcodeのインストールインストール・ディスクに入っている、 /Xcode Tools/XcodeTools.mpkg をインストールします。 /Developer/Appli…

MacOSX10.4ではC++は初めから使えるようになっています。 が、開発環境がある方が便利だよ〜ということで、Qt（キュート）というオープンソースの環境を紹介してもらいました。いろいろなOSで使えるようです。関連リンク ・Trolltech http://trolltech.com/ …

知合いのOさんが、プログラミングの教科書なら柴田望洋さんの本だよ!とすすめてくれました。ちなみに、私はCも基礎しかわからないのでCの本をさらさらっと読んでから、C++をしっかりと勉強するつもり。 明解 C++ 柴田 望洋 / ソフトバンククリエイティブ / I…

バイオインフォマティクスとは…から始まって、バイオインフォマティクスの実戦的プログラミングまで。 東京大学バイオインフォマティクス集中講義 高木 利久 / 羊土社 / ISBN : 4897068819 バイオインフォマティクスって何?からはじめて、Web上のデータベー…

Perlの勉強のために買った本達。 このくらいの基礎から勉強すれば、Perlが身につくかと。 すぐわかるPerl 深沢 千尋 / 技術評論社 / ISBN : 4774108170 親しみやすい文章で、Perl超初心者でもわかりやすく基礎を知ることができます。おすすめ。 バイオインフ…

バイオインフォマティクスにはPerlが便利だと聞いたのでいろいろと調べてみたら、BioPerlというPerl上で動いてバイオインフォマティクスに便利なツールキットがあることがわかりました。 関連するツールも一緒にインストールしておけば、配列を取ってきたり…

バイオインフォマティクスの勉強をすることになりました。 やらなくちゃいけないことはいろいろあるのですが、まずは環境整備と読書から。 自宅で眠っているダンナのPowerBookを修理して起こしてあげて環境整備します。 特に環境整備に関してはすぐに忘れて…

MacOSXを使って、バイオインフォマティクス環境を構築するためのメモです。・バイオインフォマティクスツールのインストール ・バイオインフォマティクスツールの使い方 ・開発環境のインストール ・Perl、C++関連のメモなどなどをまとめておきます。バイオ…