EMBOSSのインストール

EMBOSSをインストールします。
先にGDをインストールしておいた方がいいかも。
（私のおバカな話。X11上でコンパイルせずに、ターミナル上でコンパイルしていて、うまくいかな〜〜〜いってはまってました。X11を使いましょう。）

ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/からソースコードをダウンロードします。私はEMBOSS-4.10.tar.gzを落としました。
/bio/emboss/というディレクトリーを作って（好きなディレクトリーを作って構いません）、展開したファイルをフォルダー(EMBOSS-4.1.0)ごと全部入れます。
Terminalで/bio/emboss/EMBOSS-4.1.0/へ移動して、インストールを行います。インストール先は/bio/embossとします。

% sudo ./configure --prefix=/bio/emboss
% sudo make
% sudo make install

エラーが出ずに終わればインストールされています。
自分のホームディレクトリーで、環境設定します。

.cshrcを開き、パスの追加をします。

set path=($path /bio/emboss/bin)

実行テストです。infoseqでBLASTのテストで使ったTNFの配列を調べてみます。

% infoseq
Input (gapped) sequence(s): test.fas

とファイルを指定すると、配列の名前や残基数などが表示されます。