ClustalWで大量の配列のアライメントをしようと思うと、かなりの時間がかかりますが、FastAlignmentを実行すると、早くアライメントすることが出来る。 % clustalw -output=PIR -infile=test.fasta -align -quicktree -ktuple=2 -topdiags=4 -window=4 -pair…

ClustalWを使う方法 treeオプションで指定します。 % clustalw -infile="test2.aln" -tree -outputtree=phylip test2.phというファイルができます。 EMBOSSを使う方法 EMBOSSで系統樹を書く方法はいくつかあります。 例えば、fdnadistとffitchを使ってみます…