BioPerl GenBankからデータを取得 ローカルでBLAST検索をする Tkを使って入力画面を作る ClustalWによりアライメントを行う FASTAファイルから指定したIDの配列を抜き出す

bioperl-runがインストールされていなかったので、別途ダウンロード＆インストールしました。 Bio::AlignIO->newFh()を使うことにより、アウトプットのフォーマットを指定することができます。 #!/usr/bin/perluse Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw; us…

BioPerlのインストールだけでは、bioperl-run（種々のモジュールを含む）がインストールされません。http://bioperl.org/DIST/からダウンロードし、インストールします。私はbioperl-run-1.5.1.tar.gzをインストールしました。 % perl Makefile.PL % make % …

もともと自宅ではMacを使い、職場ではWindowsやLinuxを使っています。 バイオインフォマティクスの自習をしようと思い、使っていないマシンを探してみたら、自宅にほとんど使っていない夫のPowerBook(1.5GHz PowerPC G4)がありました。 実は、もっと古い800M…

Bioperl-guiの使い方はまだわかりませんが、Tkをインストールしたので、Tkで入力画面を表示するようにしてみました。 サンプルはGenBankを検索して、日時フォルダの中にヒットしたデータをfasta形式で保存してます。実行は、X11上で。私は、使っているエディ…

まず、Perl/Tkをインストールします。http://search.cpan.org/~ni-s/Tk-804.027/からファイルをダウンロードします。適当な場所で解凍し、インストールします。Terminalでなく、X11 windowでmake testしないとエラーになります。（Terminal上でCPANからイン…

bioperlのexamplesとscriptsには、いろいろなサンプルプログラムがおさめられています。 私の場合にはexamplesは、/sw/share/bioperl-pm586/examplesの中にありました。 scriptsは別途インストールしなくてはいけません。ソースファイルの中にscriptsがあり…

http://www.ie.u-ryukyu.ac.jp/darwin2/から、Universal Binary 対応版のGUI版をダウンロードしました。 手順は記載のとおりです。

ローカルでBLAST検索をします。ローカルですので、対象となるデータベースはあらかじめダウンロードしておかなくてはいけません。以下は、fastaフォーマットで保存してあるアミノ酸配列からSWISSPROTを検索する例です。BLASTの結果はファイルに、summaryを画…

まずは、BioPerlの動作テストを兼ねてネット上のGenBankからデータを取得してみます。 以下のサンプルプログラムはhttp://www.bioperl.org/wiki/HOWTO:Beginnersを参照しています。 GenBankからGenBank Acc=J01673のデータを取得して、J01673.gbkというGenBa…

以下の手順でBioPerlをインストールします。 MacOSX環境に必要なソフトウェアをインストール MacOSX環境 BioPerlで使うバイオ系ソフトウェアをインストール NCBI BLASTのインストール ClustalWのインストール EMBOSSのインストール EMBASSYのインストール T-…

MacOSXにインストールしておくソフトウェアなどです。 MaxOSX10.4.10、PowerPC G4の場合です。 Xcodeのインストール CPANのインストール finkのインストール epkgのインストール

finkでインストールするモジュールもあるので、finkをインストールしておきます。 http://finkproject.org/index.php?phpLang=jaから最新版のバイナリーをダウンロードします。 インストールの手順はページのとおり。

http://trolltech.com/developer/downloads/qt/macから最新版をダウンロードする。私はqt-mac-opensource-src-4.3.0.tar.gzを落としました。どこに落としてもいいです。 % ./configure % make % sudo make install

いよいよ、BioPerl本体のインストールです。最新版はCPANに入っていなかったので、http://bioperl.org/DIST/から最新版を落としてインストールを試みました。私は、bioperl-1.5.2_102.tar.gzを落としました。 % perl Makefile.PL オプションにinstall all (a…

BioPerlを使うのに必要なモジュールがいろいろとありまして、これが、Bundle::BioPerlです。CPANでインストールできます。 % sudo perl -MCPAN -e shell CPAN> install Bundle::BioPerl たくさんのモジュールがあって、かなり時間がかかります。途中でいろい…

epkgでMySQLをインストールします。 GUI版をインストールしてあるので、リストから選んでインストールするだけです。mysqlは分類「lang」に入っていました。 CPANで必要なものをインストールしておきます。 % sudo perl -MCPAN -e shell CPAN> install DBI C…

BioPerlはデータベースも使うんですって。MySQLをインストールします。