BioPerlインストールの手順

以下の手順でBioPerlをインストールします。

MacOSX環境に必要なソフトウェアをインストール

1. MacOSX環境

BioPerlで使うバイオ系ソフトウェアをインストール

1. NCBI BLASTのインストール
2. ClustalWのインストール
3. EMBOSSのインストール
4. EMBASSYのインストール
5. T-Coffeeのインストール

BioPerlで使う種々モジュールをインストール

1. XML::Parserのインストール
2. GDのインストール
3. Spreadsheet::ParseExcelのインストール
4. XML::DOM::Xpathのインストール
5. その他にもXML::SAXなどが必要のようですが、BioPerlをインストールする時に一緒にインストールされました。

データベースMySQLをインストール

1. DBD::mysqlのインストール

最後にBioPerlをインストール

1. Bundle::BioPerlのインストール
2. BioPerlのインストール
3. bioperl-runのインストール