サンプル4. ClustalWによりアライメントを行う。

BioPerl ClustalW


bioperl-runがインストールされていなかったので、別途ダウンロード＆インストールしました。
Bio::AlignIO->newFh()を使うことにより、アウトプットのフォーマットを指定することができます。



#!/usr/bin/perl

use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw;
use Bio::AlignIO;

use strict;

my $infile = 'test2.fas';
my $outfile = $infile.'.out';
my @params = ('ktuple' => 2, 'type' => 'protein', 'matrix' => 'BLOSUM',
'outfile' => $outfile);
my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
my $aln = $factory->align($infile);
my $string = Bio::AlignIO->newFh('-format' => 'clustalw');

print $string $aln;