BioPerlのインストール
いよいよ、BioPerl本体のインストールです。最新版はCPANに入っていなかったので、http://bioperl.org/DIST/から最新版を落としてインストールを試みました。私は、bioperl-1.5.2_102.tar.gzを落としました。
オプションにinstall all (a)を選んだところ、CPANでいくつかのモジュールのインストールが始まりました。BioPerlに必要なモジュールだと思われます。最後のメッセージにインストールできなかったモジュールのリストが出ていたので、それを１つ１つCPANでインストールした後に、再びperl Makefile.PLしましたが、エラーが出て結局makeファイルが作れず。
そこで、CPANでforceを使ってインストールしました。
% sudo perl -MCPAN -e shell
CPAN> d /bioperl/
で、インストール可能なバージョンを確認。現時点でのバージョンは1.4でした。(最新のStableバージョンです。)
cpan>force install B/BI/BIRNEY/bioperl-1.4.tar.gz
最新の開発版1.5を入れたかったので、finkでチャレンジ。こちらもエラーでインストールできなかったのですが、perlのパスを設定したらうまくいきました。
perlのパスの設定は、.cshrcに
source /sw/bin/init.csh
を追加します。
Perlのバージョンが5.8.6なので、bioperl-pm586をインストールします。
無事にインストールされているか確認します。インストールされていると、バージョンが表示されます。
