ClustalWのインストール

BioPerl ClustalW

ClustalWをインストールします。


ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/clustalw/からMacOSX用のバイナリーをダウンロードします。私は、clustalw1.82.mac-osx.tar.gzを落としました。
/bio/clustalw/というディレクトリーを作って、その中に展開したファイルを全部入れます。（好きなディレクトリーを作って構いません。）
自分のホームディレクトリーで、環境設定します。
.cshrcを開き、パスの追加をします。


set path=($path /bio/clustalw)


実行テストです。マウスのIgG H鎖の配列３つを比較してみます。


>CAA57930
vqlqesgpel vkpgasvris cktsgytfte ntlhwvkqsh gkslewiggi hpknggtnyn
qkfrvratlt vdkssstaym dfrsltfeds avyycargdg aywgqgttvt vss
>CAA57929
vqlqesgggl vkpggslkls caasgftfss yamswvrqtp ekrlewvati sssgsytyyp
dsvkgrftms rdnakntlyl qmsslrsedt amyycvrlyy dydpyvmdyw gqgttvtvss
>CAA57928
vqlqqsgpel vkpgasvkis cktsgytfte ntihwvkqsh gkslewiggi npnngrtsyn
qkfqdkaplt vdkasstaym evrsltseds avyfcargdv aywgqgttvt vss


fastaフォーマットでtest2.fasに書いておきます。


% clustalw


で、実行します。


Your choice: 1
Enter the name of the sequence file: test2.fas
Your choice: 2
Your choice: 1


と入力していき、残りはそのままenterで進み、結果が出たら、メインメニューに戻ってXで終了します。


コマンドラインで実行することもできます。


% clustalw test2.fas > test2.log


系統樹を作成するためのファイルを作るには-treeで指定します。


% clustalw -infile="test2.aln" -tree -outputtree=phylip


系統樹はTreeViewなどのソフトでtest2.phを開くと見ることができます。