T-Coffeeのインストール

T-Coffeeをインストールします。

http://www.tcoffee.org/Projects_home_page/t_coffee_home_page.htmlからソースコードをダウンロードします。私がダウンロードした時にはversion 5.05でした。
/bio/t_coffee/というディレクトリーを作って（好きなディレクトリーを作って構いません）、展開したファイルを全部入れます。
Terminalで/bio/t_coffee/へ移動して、インストールします。

% ./install

LICENCE AGREEMENTが表示されます。同意するならばYESとタイプします。インストールが開始します。

自分のホームディレクトリーで、環境設定します。
.cshrcを開き、パスの追加をします。

set path=($path /bio/t_coffee/bin)

実行テストです。ClustalWのインストール時に作ったtest2.fasを使って、アライメントを行います。

% t_coffee test2.fas

実行され、test2.dnd、test2.aln、test2.htmlに結果が出力されます。