2007-01-01から1年間の記事一覧
T-Coffeeをインストールします。 http://www.tcoffee.org/Projects_home_page/t_coffee_home_page.htmlからソースコードをダウンロードします。私がダウンロードした時にはversion 5.05でした。 /bio/t_coffee/というディレクトリーを作って(好きなディレク…
EMBOSSをインストールします。 先にGDをインストールしておいた方がいいかも。 (私のおバカな話。X11上でコンパイルせずに、ターミナル上でコンパイルしていて、うまくいかな〜〜〜いってはまってました。X11を使いましょう。) ftp://emboss.open-bio.org/…
ClustalWをインストールします。 ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/clustalw/からMacOSX用のバイナリーをダウンロードします。私は、clustalw1.82.mac-osx.tar.gzを落としました。 /bio/clustalw/というディレクトリーを作って、その中に展開したファ…
NCBI BLASTをインストールします。 1. NCBI BLAST ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/からMacOSX用のバイナリーをダウンロードします。私は、blast-2.2.16-universal-macosx.tar.gzを落としました。 /bio/blast/というディレクトリーを作って、その…
BioPerlのインストール前にいくつかのバイオインフォマティクスツールをインストールしておきます。
MacOSX1.4ではPerl、C、C++などは初めから使えます。 ただし、開発環境Xcodeは追加インストールしなくてはいけません。 1. Xcodeのインストールインストール・ディスクに入っている、 /Xcode Tools/XcodeTools.mpkg をインストールします。 /Developer/Appli…
MacOSX10.4ではC++は初めから使えるようになっています。 が、開発環境がある方が便利だよ〜ということで、Qt(キュート)というオープンソースの環境を紹介してもらいました。いろいろなOSで使えるようです。関連リンク ・Trolltech http://trolltech.com/ …
知合いのOさんが、プログラミングの教科書なら柴田望洋さんの本だよ!とすすめてくれました。ちなみに、私はCも基礎しかわからないのでCの本をさらさらっと読んでから、C++をしっかりと勉強するつもり。 明解 C++ 柴田 望洋 / ソフトバンククリエイティブ / I…
バイオインフォマティクスとは…から始まって、バイオインフォマティクスの実戦的プログラミングまで。 東京大学バイオインフォマティクス集中講義 高木 利久 / 羊土社 / ISBN : 4897068819 バイオインフォマティクスって何?からはじめて、Web上のデータベー…
Perlの勉強のために買った本達。 このくらいの基礎から勉強すれば、Perlが身につくかと。 すぐわかるPerl 深沢 千尋 / 技術評論社 / ISBN : 4774108170 親しみやすい文章で、Perl超初心者でもわかりやすく基礎を知ることができます。おすすめ。 バイオインフ…
バイオインフォマティクスにはPerlが便利だと聞いたのでいろいろと調べてみたら、BioPerlというPerl上で動いてバイオインフォマティクスに便利なツールキットがあることがわかりました。 関連するツールも一緒にインストールしておけば、配列を取ってきたり…
バイオインフォマティクスの勉強をすることになりました。 やらなくちゃいけないことはいろいろあるのですが、まずは環境整備と読書から。 自宅で眠っているダンナのPowerBookを修理して起こしてあげて環境整備します。 特に環境整備に関してはすぐに忘れて…
MacOSXを使って、バイオインフォマティクス環境を構築するためのメモです。・バイオインフォマティクスツールのインストール ・バイオインフォマティクスツールの使い方 ・開発環境のインストール ・Perl、C++関連のメモなどなどをまとめておきます。バイオ…